Mae'r rhai sy'n gwrthwynebu bwyd a addaswyd yn enetig yn cynnwys ystod eang o grwpiau buddiant, o Greenheddwch i gymdeithasau ffermwyr i eglwysi Cristnogol, ac yn y blaen. Mae eu gwrthwynebiad wedi'i ganoli mewn tri maes:
Yn gyntaf, mae addasu genetig yn erbyn natur ac felly'n niweidiol. Dywedodd y cefnogwyr nad yw cnydau heddiw yn amrywogaethau cyntefig mwyach, neu fel arall dylai'r llysiau y mae pobl yn eu bwyta fod yr un fath â'r glaswellt y mae anifeiliaid yn ei fwyta.
Yn ail, ar ôl genynnau ag ymwrthedd i chwynladdwr neu swyddogaethau lladd plâu gwenwynig yn cael eu cyflwyno i blanhigion, a yw'r bwyd y maent yn ei ddarparu'n ddiogel i bobl? Mewn ymateb i hyn, pwysleisiodd y cefnogwyr nad oes unrhyw sefydliadau ymchwil cymwysedig hyd yma wedi canfod tystiolaeth bod bwydydd a addaswyd yn enetig yn niweidio iechyd pobl, ond dim ond, ac mae'n anodd cael tystiolaeth gynhwysfawr i argyhoeddi pobl.
Yn drydydd, a yw'n bosibl bod hyrwyddo planhigion a addaswyd yn enetig yn rhy frysiog yn effeithio ar amaethyddiaeth a'r amgylchedd ecolegol? Gall hyrwyddo cnydau a addaswyd yn enetig sy'n gwrthsefyll chwynladdwyr annog ffermwyr i orddefnyddio chwynladdwyr, a thrwy hynny niweidio neu hyd yn oed ddifladi rhai cnydau nad ydynt yn brif gnydau. Mae llawer o ffermwyr mewn gwledydd sy'n datblygu wedi bod yn defnyddio cnydau nad ydynt yn brif gnydau fel bwyd atodol neu fel porthiant. Mae Gweinyddiaeth Pysgodfeydd a Bywyd Gwyllt y DU wedi darganfod bod 74 o rywogaethau planhigion yn cael eu peryglu gan effeithiau chwynladdwr.