Technoleg electrofform gel dau ddimensiwn a thechnoleg sbectrometreg torfol yw'r dulliau a ddefnyddir amlaf ar hyn o bryd ar gyfer astudio proteomeg. Mae technoleg electrofform gel dau ddimensiwn yn defnyddio pwynt isoelectric protein a gwahaniaeth pwysau moleciwlaidd i wahaniaethu rhwng proteinau amrywiol. Er ei bod yn anodd gwahaniaethu rhwng proteinau digonedd o uchder gan electrofform gel dau ddimensiwn, mae ganddo ofynion uwch ar gyfer gweithredu, ond ei drwygyrch uchel, datrys ac atgynhyrchu da, ac mae ei nodweddion o gael eu cyfuno â sbectrometreg torfol yn ei wneud yn ddulliau ymchwil Proteomeg mwyaf poblogaidd a dibynadwy. Technoleg electrofform gel dau ddimensiwn a gweithdrefnau ymchwil proteomeg sy'n seiliedig ar sbectrometreg torfol yw paratoi sampl→isoelectric sy'n canolbwyntio→polyacrylamide gel electrofform→gel stainig→digu mannau protein o ddiddordeb→ddarllediad gel→ dadansoddiad sbectrometreg i bennu peptidau Canfod neu ddilyniant asid amino rhannol→mewn I ymchwil proteomeg, mae angen gwahanu protein cydraniad uchel a thechnegau adnabod sbectrometreg màs cywir a sensitif. Mae lliwio proteinau mewn electrofform gel nid yn unig yn effeithio ar ddatrys gwahanu protein, ond mae hefyd yn effeithio ar adnabod sbectrometreg torfol dilynol. Gellir rhannu staeniau protein yn bedwar categori: staenio adwninydd organig, staenio arian, staenio fflworoleuol a lliw isotopau.
Cynigiodd Unlu et al. ddull dadansoddi proteomeg meintiol sy'n dangos gwahaniaeth fflworideiddio (F-2D-DIGE). Mae electrofform gel gwahaniaethol (DIGE) yn welliant technegol o 2-DE. Mae'n cyfuno'r dull o ddadansoddi fflworideiddio lluosog. Mae'n gwahanu samplau lluosog wedi'u labelu â fflworideiddio gwahanol ar yr un gel ac yn cyflwyno'r cysyniad sylfaenol mewnol. Mae'r proteinau yn y ddau sampl wedi'u cymysgu â labeli fflworoleuol gwahanol i berfformio 2-DE i ganfod mynegiant y protein yn y ddau sampl, sy'n gwella cywirdeb, dibynadwyedd ac ailddarllediadau'r canlyniadau'n fawr. Mewn technoleg DIGE, mae gan bob man protein ei safon fewnol ei hun, a gall y feddalwedd raddnodi ei mynegiant yn awtomatig yn unol â safon fewnol pob man protein er mwyn sicrhau bod y newidiadau i'r digonedd o brotein a ganfuwyd yn wir. Mae technoleg DIGE wedi'i chymhwyso mewn samplau amrywiol.